A Botanikus Kert folyamatosan változik. Ennek eredményeképpen egész évben számos programlehetőség közül választhat az érdeklődő. Időről időre egy-egy nagyobb szabású eseményre is sor kerül (egy újab terület átadása, vagy felújítása után történő ismételt átadása) és vannak hagyományosan megrendezésre kerülő programok is, mint például a minden május első dekádján megrendezésre kerülő:
Madarak és Fák napja. 2016-ban a Tuzson János Botanikus kertben több mint 880 nyíregyházi gyermek vett részt a már hagyományos rendezvényen, amit közösen szervezett a Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesület, a KAKTUSZ-Ház Építése Alapítvány, valamint a NYÍRERDŐ Zrt. Pál Miklós Erdészeti Erdei Iskola. A nap folyamán a gyerekek különböző foglalkozásokon juthattak információhoz az őket körülvevő természetről, az erdőről. Fa- és cserjefajokkal ismerkedtek, fakorongokra festettek, magokat vetettek, madárodúkat készítettek, ügyességi játékokon és madárgyűrűzéseken vettek részt.
A gyerekek segítségével elültették az idei Év Fája, a mezei szil egy csemetéjét is a botanikus kertben.A madarak és fák napját Magyarországon először 1902-ben Chernel István ornitológus szervezte meg, majd Apponyi Albert vallás- és közoktatásügyi miniszter körrendeletben írta elő: évente egy napot a népiskolákban a tanító arra szenteljen, hogy a tanulókkal a hasznos madaraknak és azok védelmének jelentőségét megismertesse. A nyíregyházi botanikus kertben a hagyományokat folytatva tehát évről évre számos madarat és növényt megismerhetnek a gyermekek.